AI 自动化分析概述ivdtools-analysis是面向体外诊断IVD评价数据的人工智能分析Skill当前版本 0.1.0。它以 R 包ivdtools为统计引擎从CSV、TSV、Excel 或 RDS 数据出发完成数据质量检查、统计分析并生成可复现的中文 HTML 报告、R 代码、结果表和图形。它适用于 ClaudeCode/ivdtools-analysis 与 OpenAICodex$ivdtools-analysis等对话式代理环境。边界声明本 Skill用于统计分析和证据整理不代表临床验证、产品放行或监管批准。涉及临床、监管或放行决策时应由合适的专业人员独立复核。在对话中使用 Skill的价值不是替代统计判断而是把重复的技术步骤标准化数据预检、参数确认、统计计算、结果核验与中文报告生成按固定工作流执行并把数据来源、参数、排除记录、警告、结果表、图形与软件环境一起保存降低遗漏和手工复制错误的风险。适用的分析任务Skill 覆盖 10 类分析任务均以ivdtools的对应模块为统计引擎分析类别 典型任务方法学比对 描述统计、相关、OLS/WLS/Deming/加权Deming/Passing–Bablok、Bland–Altman、医学决定水平偏倚ROC 分析 单/多指标 ROC、AUC、截断值、灵敏度/特异度、多变量 Logistic定性一致性 2×2 表、灵敏度/特异度/预测值、总符合率、Kappa、McNemar精密度 方差分量、SD/CV、置信区间、剖面结果分析灵敏度 sadler拟合、空白限/检出限/定量限建立参考区间 百分位法、参数法、稳健法及其置信区间稳定性 条件趋势、试验/参考比较、稳定时间、MKT、Arrhenius、稳定性设计质量控制 Levey–Jennings 图、Westgard 规则违反识别方程拟合 方程检索、非线性/加权拟合、模型比较、残差诊断数据检查 离群值候选、正态性检验、瓶间 ANOVA、Youden 图样本量 Bland–Altman、比例检验、比例置信区间、稳定性设计样本量标准工作流Skill 的分析遵循固定流程输出目录结构固定便于核验与追溯。创建独立输出目录默认目录名为输入文件名-ivdtools-analysis-YYYYMMDD-HHMMSS位于Skill 目录之外且不覆盖 已有目录。原始数据始终保持只读不作改写。数据预检用inspect_data.R生成数据检查 JSONRscript scripts/inspect_data.R\--input/data/example.csv\--encodingUTF-8\--output/output/data-inspection.json预检报告行列数、重复行/列名、每列类型与缺失比例、唯一值数、候选二分类字段与候选ID 字段、 类别水平与数值范围帮助在分析前发现数据质量问题。确定分析方案根据研究目的选择分析类型并确认不能从数据安全推导的参数。Skill不会自行编造临床截断值、允许偏倚、稳定性限值或接受标准若这些参数影响结论且无法从数据或方案安全推导会请求用户确认。执行分析并渲染报告Skill 把assets/report-template.Rmd复制到输出目录创建带显式参数与ivdtools::命名空间调用 的analysis.R完成分析再渲染中文 HTML报告。渲染过程保留警告与消息不静默屏蔽。核验结果交付前核验输入总行数与各步排除行数能否对应、缺失/非数值/重复记录是否已报告、阳性类别与方向是否正确、模型是否收敛、HTML 数值是否与results/*.csv一致、是否记录了sessionInfo()与实际包版本。输出内容标准交付目录包含analysis.R # 可复用的分析代码 report.Rmd # 报告源文件 report.html # 中文 HTML 报告 analysis-manifest.json # 数据来源、参数和产物清单 session-info.txt # R 环境和包版本 results/*.csv # 机器可读的结果表 figures/*.png # 分析图形中文报告至少包含分析目的、数据来源、数据质量发现、方法和参数、结果表、图形、排除与警告、结果解释、局限性和可复现性信息。安装与使用运行环境R ≥ 4.1.0、对应版本的ivdtools、Pandoc以及ggplot2、VCA、VFP、rmarkdown、knitr等依赖包。先运行环境检查Rscript scripts/check_environment.R输出STATUS: READY表示就绪否则列出缺失项。安装/补齐依赖写入 R库只能在用户明确授权后执行Rscript scripts/install_ivdtools.R --yes。在 Claude Code 中使用Skill 已注册为可调用技能在对话中直接调用/ivdtools-analysis 分析 /data/method_comparison.xlsx 的 Results 工作表。 样本 ID 为 sample_id候选方法为 candidate参考方法为 reference。 按研究方案进行 Deming 回归lambda1与差值型 Bland–Altman 分析 置信水平 95%输出可复现的中文 HTML 报告。在 OpenAI Codex 中使用在对话中点名$ivdtools-analysis并附上数据与分析要求请使用 $ivdtools-analysis 分析 /data/roc.csv。 sample_id 是样本 IDtruth 是二分类参考结果其中 positive 为阳性 marker1 和 marker2 是待评价指标。请输出 AUC、截断值、敏感度、 特异度、ROC 图和中文 HTML 报告。数据选出的截断值只作探索性结果。提交任务时建议说明数据文件路径Excel 工作簿还应指定工作表分析目的与研究设计样本 ID、候选/参考方法、结局、时间、批号等字段对应关系阳性类别、方向、配对/重复结构、精密度设计公式置信水平、效能、统计方法及方案规定的参数医学决定水平、允许偏倚、稳定性限值、QC 目标均值/SD 等接受标准。数据处理原则保留原始列名不自动调用make.names()改名不默认填补缺失值、删除离群值、平均重复测量或反转结局方向离群值检验只产生待复核的候选记录不构成自动删除依据对排除记录保留依据并在适用时报告包含/不包含的敏感性分析任何数据转换、排除、聚合与事后分析选择都说明操作与理由统计显著不等于临床可接受只能依据方案或用户提供的接受限得出可接受性结论。常见问题版本不符环境检查提示ivdtools版本不符时不要直接覆盖已安装的新版选择新的可写 R 库授权后将目标版本安装到该目录并用--library检查。Excel 无法预检确认已安装readxl多工作表时用--sheet明确选择。HTML 无法渲染确认rmarkdown、knitr已安装且rmarkdown::pandoc_available()为TRUE 查看report.Rmd中记录的实际警告或错误不静默忽略。二分类方向反了检查阳性类别、因子水平、指标方向及试验/参考映射在重新分析前记录更改方向与理由。有离群值或重复测量不自动删除或平均先按原始记录、实验设计与预设规则确定处理方式。