从空间转录组到PCF80：母胎界面研究如何补充蛋白功能证据？

空间转录组测量的是mRNA空间表达。它的优势在于无偏性地发现所有基因的表达模式，但mRNA水平并不完全等同于有功能的蛋白质的丰度和定位，会受转录后调控影响。PCF（CODEX）空间单细胞蛋白组检测的是预先选定的特定蛋白质，可以在组织切片上同时成像数十种蛋白质，并精确分析它们的共定位关系，可以一次性解析多种细胞类型的复杂空间互作。它直接在最接近功能的蛋白质层面进行验证，提供了更直接的生物学功能证据。PCF（CODEX）图像基于荧光显微镜，能提供非常清晰的细胞和组织形态学背景。

对于母胎界面这样同时包含胎儿来源滋养层细胞、母体蜕膜细胞、血管细胞和免疫细胞的组织，单一技术往往只能看到其中一部分答案。PCF80以80抗体Panel为基础，适合在空间转录组发现候选区域或候选细胞状态后，继续补充蛋白功能证据，让“PCF80，看透组织中的每个细胞”在多组学研究流程中具有清晰定位。

近日，《Nature》期刊发表了一项题为“Single-cell spatiotemporal dissection of the

human maternal–fetal interface”的母胎界面研究正体现了这种技术互补。研究使用Stereo-seq对中期妊娠胎盘基底板样本进行空间全转录组测序，重建大规模空间转录组图谱，并开展空间共现、细胞群落、细胞间通讯和拟时序分析。随后，使用PCF（CODEX）空间单细胞蛋白组进行直接原位分析，尤其用于理解EVT重塑螺旋动脉过程中动脉内皮细胞的连续状态。研究中提到的caEC、R0、R1和R2状态，不仅涉及分子表达差异，也涉及细胞与血管壁之间的空间距离变化。

在实际课题中，从空间转录组升级到PCF80，并不是简单重复验证，而是把“转录线索”转化为“蛋白证据”。空间转录组能够无偏发现表达区域和候选通路，但mRNA水平受到转录后调控影响，不一定等同于蛋白丰度和定位。PCF80检测预先设计的蛋白标志物，可在同一组织切片上观察多类细胞类型、功能状态和组织结构。研究者可以先根据空间转录组筛选关键细胞群、差异区域和相互作用线索，再用PCF80验证蛋白表达、细胞共定位和邻域关系。

这种组合特别适合三类母胎界面课题。第一类是发育轨迹与谱系分化，例如VCT向EVT或SCT分化后的空间定位和蛋白状态验证；第二类是组织结构重塑，例如EVT侵袭、螺旋动脉改建、内皮细胞脱离和血管微环境变化；第三类是疾病相关机制，例如子痫前期、早产或流产相关风险细胞在母体侧或胎儿侧的空间分布。对于准备发表高质量研究的团队，多组学之间的闭环验证往往比单一技术结果更具解释力。

因此，PCF80与空间转录组不是替代关系，而是互补关系。空间转录组帮助发现问题，PCF80帮助在蛋白和组织结构层面核对问题。对于母胎界面研究而言，这种对比升级的核心不是“更多数据”，而是“更完整证据链”：从mRNA表达到蛋白表达，从细胞注释到原位定位，从组织区域到细胞邻域。PCF80作为空间蛋白组方案，可以帮助研究者把候选机制放回真实组织环境中检验，为母胎界面复杂生物学问题提供更稳健的研究路径。

【说明】本文仅为科研技术方法介绍，不涉及疾病诊断、治疗建议或用药指导。文中提及的研究发现均来自学术文献，不构成任何医疗意见。如有健康问题，请咨询专业医疗机构。

参考文献

Wang, C., Zhou, Y., Wang, Y. et al. Single-cell spatiotemporal dissection of the human maternal–fetal interface. Nature (2026). DOI: 10.1038/s41586-026-10316-x。