面向真实科研场景，构建由Codex、Claude Code、OpenClaw、Hermes四位“AI研究员“组成的可迭代、可迁移的科研协作团队

人工智能正在将"单枪匹马做科研"的传统模式彻底改写。今天的科研工作者，完全可以拥有一位——甚至是一支——24小时在线、不知疲倦、各司其职、协同进化的AI科研伙伴。它可以替您穿梭于多平台捕获文献线索，从PDF中精准提取图表与核心数据，执行统计分析与空间建模，绘制专业科研图示，整理Meta分析证据链——而本课程要做的，不只是教您使用这些AI工具，更是手把手带您搭建一支由Codex、Claude Code、OpenClaw、Hermes四位"AI研究员"组成的协作团队：Codex负责代码执行与产物生成，Claude Code担当技术审查与逻辑把关，OpenClaw编排跨工具、跨平台的复杂流程，Hermes则全程沉淀项目记忆与证据上下文。四者通过Skill技能封装、MCP工具连接、Hook运行日志、Memory记忆沉淀、Agent Team任务拆解等技术组件深度耦合，形成一套可运行、可迭代、可迁移的科研助手系统。让助手承担执行性工作，研究者回归学术判断与创造性思考。

本文的深层价值在于"逐章增厚"的进化机制——随着Codex、Claude Code、OpenClaw、Hermes四Agent的协同推进，文献管理、数据提取、分析建模、科研图示、材料组织与成果传播被逐一串联为一条完整的科研工作流，每一章的产出都通过Command指令包和Hook日志回写至Obsidian项目知识库。随着课程推进，您的助手不断积累能力、记忆与工作范式，最终形成一套跨学科通用、可直接迁移至个人课题的完整资产包：包含项目目录结构、四Agent分工配置、可复用Command指令集、Skill/MCP连接方案、复核清单与质量控制流程。无论您的研究方向如何，这套系统都将成为您长期科研道路上的智能协作基础设施。

收获

1.专属的AI科研团队——掌握Codex、Claude Code、OpenClaw、Hermes四Agent协同分工与部署配置，拥有24小时在线、各司其职的科研协作伙伴。

2.贯通的科研自动化链路——从文献线索归档、PDF深度提取、数据分析与建模，到科研图示生成、Meta分析、论文材料组织与成果传播，全流程跑通。

3.持续进化的项目知识库——通过逐章回写Obsidian，积累Command指令、Skill技能、Hook日志与Memory记忆，让助手随您的研究不断"增厚"。

4.跨学科复用的科研资产包——项目目录模板、复核清单、质量控制流程、成果迁移模板，可直接用于个人课题或团队项目。

5.高效的科研工作范式——建立"Agent执行、人工复核、参数留痕、版本管理"的规范习惯，让重复性工作交给AI，您聚焦学术洞察与创新思考。

6.长期陪伴的科研伙伴——与来自不同学科的学员共同探讨四Agent在科研中的应用经验。

专题一、智能科研基础设施：四Agent部署安装与科研工作台搭建

1.Codex、Claude Code、OpenClaw、Hermes的定位、入口、账号与权限检查

2.Python、Git、VS Code、Obsidian、飞书、项目目录和脚本环境配置

3.四Agent分工：Codex执行产物，Claude Code复核代码，OpenClaw编排流程，Hermes积累项目记忆

4. 个人或课题组科研工作台目录：data、scripts、outputs、figures、notes、review

5. 首个可运行脚本、复核清单和项目模板初始化

6.Agent实现：用CLAUDE.md/Memory定义项目规则，搭建四Agent Team，建立Command目录、基础Skill清单、MCP连接测试和Hook日志

案例与产出：

案例：以一个学员自带研究问题建立科研工作台

产出：四Agent安装检查表、项目目录模板、工具分工图和首个可运行脚本

Agent产出：四Agent Team配置表、Command指令包、Skill/MCP/Hook/Memory检查表

回写助手仓库：本章产出的项目目录、CLAUDE.md、Command目录和Skill/MCP/Hook清单全部回写助手仓库，作为后续各章的初始状态。

专题二、科研流程智能解构：科研痛点诊断、任务拆解与四Agent协同路径

1.科研链路中的高频痛点：选题、文献、数据、脚本、图表、解释、交付与复核（其中选题不在本课程单独展开，而是承接第四章PDF提取出的可迁移Idea，逐步收敛为研究问题）

2.把研究问题拆成“资料—数据—方法—脚本—图表—表达—交付”任务链

3.Codex、Claude Code、OpenClaw、Hermes在不同环节的进入方式

4.system/messages上下文、Command、Hook、Memory和Sub Agent分工模板

5.人工复核点、版本记录、参数留痕和材料归档要求

6.Agent实现：把研究问题写成system目标与messages任务链，由OpenClaw编排Sub Agent，Hook记录复核节点，Memory保存项目决策

案例与产出：

案例：城市热风险、公共健康或科研机构项目任务拆解

产出：科研场景任务单、四Agent介入路径图和人工复核清单

Agent产出：任务链Command、Sub Agent分工表、Hook复核节点和Memory记录

回写助手仓库：本章的任务链Command、Sub Agent分工表和Memory决策回写Obsidian与助手仓库，助手首次“变厚”。

专题三、智能文献管理：多平台文献线索采集与OpenClaw文献管理工作流

1.公众号、抖音、小红书文献线索的入口设计、线索采集、截图留证和来源记录

2.OpenClaw编排多平台线索进入飞书，再同步到Obsidian文献库

3.文献卡片字段：标题、作者、DOI/链接、来源平台、发布时间、截图证据、研究问题和下一步任务

4.MCP连接、Hook记录、Command复用、权限设置、异常处理和资料归档规范

5.让手机端碎片化文献线索从一次性收藏转为可检索、可复用、可复核的文献管理流程

6.Agent实现：OpenClaw编排公众号/抖音/小红书/飞书/Obsidian MCP与手机线索Hook，Command复用文献归档流程

案例与产出：

案例：OpenClaw编排公众号、抖音、小红书文献线索进入飞书和Obsidian

产出：多平台文献线索采集表、Obsidian文献卡片字段、资料归档规范、归档Command和复核清单

Agent产出：多平台线索MCP场景、线索Hook、归档Command和复核模板

回写助手仓库：本章的文献卡片、归档Command和线索Hook回写Obsidian文献库与助手仓库，供后续章节直接调用。

专题四、自动化内容深度提取：PDF论文图片资料提取与证据整理

1.承接第三章归档的文献线索，对其中的PDF论文全文做深度提取：研究问题、样本范围、变量指标、方法参数、表格、图片、图注和补充材料

2.论文图片、机制图、流程图、结果图、表格截图和数据线索的结构化整理

3.DOI、数据来源、开放许可、图注和可复现实验线索核验

4.把PDF论文图片资料转成结构化提取表、数据线索清单、图片证据库和缺失信息清单

5.Hermes/Obsidian 保存文献卡片，Claude Code复核表格逻辑和证据边界

6.Agent实现：封装PDF/图片/表格提取Skill，调用文献/文件MCP，使用多模态messages处理截图、图表，Hermes Memory保存文献卡片

案例与产出：

案例：使用公开论文或学员自带论文完成PDF论文图片资料提取

产出：PDF论文图片资料提取表、图表证据库、数据线索清单、缺失信息清单和复核记录

Agent产出：PDF图片提取Skill卡、文献Memory模板和复核Command

回写助手仓库：本章的提取表、证据库、可迁移Idea卡片和提取Skill回写Obsidian与助手仓库，接第二章的选题线索。

专题五、数据自动化工程：自动化检索、下载、处理分析与可视化案例

1.Google Dataset Search、Kaggle、Google Trends、GEE等公开数据入口的使用边界

2.公开数据下载流程：关键词检索、数据筛选、许可核验、字段说明和本地缓存

3.CSV/Excel/API数据下载后的目录管理、版本留痕和质量控制

4.GEE 遥感与空间数据：区域选择、时间窗口、图层加载、导出成果图

5.用Codex 生成数据处理脚本，用Claude Code复核下载逻辑和字段含义

6.Agent实现：配置公开数据检索Skill和下载Command，MCP连接数据入口，Hook留存许可、字段和版本，messages记录检索依据

7.四Agent在场：Codex生成脚本、Claude Code复核，本章产物由OpenClaw串入文献—数据流水线、由Hermes记忆沉淀。

案例与产出：

案例：经济趋势、公共卫生风险或GEE空间制图

产出：公开数据下载清单、数据字典、许可复核表、Python处理脚本、GEE脚本和成果图

Agent产出：数据检索Skill、下载Command、MCP入口清单和许可Hook日志

回写助手仓库：本章的数据字典、许可Hook、检索Skill和下载Command回写Obsidian与助手仓库。

专题六、科研自动化建模：统计分析、机器学习与Transformer应用案例

1.CSV、Excel、API数据读取，字段清洗、缺失值处理和数据字典整理

2.pandas、plotly/matplotlib、scikit-learn在科研表格、时序和空间数据中的使用

3.回归、分类、聚类、降维等机器学习基线模型与结果解释

4.Transformer 在论文文本、舆情文本、时间序列或复杂特征提取中的入门演示

5.Claude Code 对脚本、指标、误差来源和解释边界进行复核

6.Agent实现：建立Python建模Skill与评估Command，Hook记录参数、usage和stop_reason，Claude Code Sub Agent复核Transformer脚本

7.四Agent在场：Codex建模、Claude Code复核，本章脚本与评估结果由OpenClaw串入流水线、由Hermes记忆沉淀。

案例与产出：

案例：公共健康、城市热风险或科研机构项目数据分析

产出：Python脚本包、机器学习基线结果、Transformer演示脚本、模型评估图和复核清单

Agent产出：建模Skill、评估Command、参数Hook日志和复核记录

回写助手仓库：本章的脚本包、评估图、参数Hook和建模Skill回写Obsidian与助手仓库。

专题七、三维智能制图：Codex CLI驱动Blender科研3D可视化

1.科研3D图的适用场景：机制路径、实验装置、器官结构、空间过程和成果展示对象

2.Codex 生成 Blender Python 脚本、CLI运行命令、对象清单、材质灯光、相机角度和标注层

3.从文字机制描述到3D场景草图、渲染图和图注说明

4.科研论文、基金申报、项目汇报中的3D图示复核要求

5.把Blender CLI脚本、运行命令、渲染图和参数记录保存为可复用图示资产

6.Agent实现：Codex作为Blender CLI Sub Agent生成脚本和运行命令，用3D图示Skill、渲染Command和Hook保存场景参数

7.四Agent在场：Codex生成图示、Claude Code复核，本章渲染图与参数由OpenClaw串入流水线、由Hermes记忆沉淀。

案例与产出：

案例：污染暴露—人体器官—健康结局机制图或农田遥感监测三维场景

产出：Codex使用CLI方式控制Blender提示词模板、Blender CLI脚本、运行命令、渲染图、图注和资产目录。

Agent产出：Blender CLI Skill、渲染Command、场景参数Hook和批量导出记录

回写助手仓库：本章的Blender CLI脚本、渲染图、场景参数Hook和图示Skill回写Obsidian与助手仓库。

专题八、科研材料智能组织：Claude Code生成论文-基金-专利Visio流程图与科研材料组织

1.把数据结果、文献证据、项目记忆和图表解释转成论文、基金和专利材料

2.论文结果段、图注、基金立项依据、研究内容、技术路线和专利实施例整理

3.Claude Code生成并复核论文、基金、专利所需的Visio技术路线图、研究框架图、实施流程图和证据链图

4.Claude Code 复核脚本目录、引用来源、证据链、相似专利和流程图节点逻辑

5.材料生成后的署名、伦理、知识产权和人工复核边界

6.Agent实现：Claude Code作为材料复核Sub Agent，用Visio流程图Skill和材料Command生成流程，Hook记录证据链和人工确认

案例与产出：

案例：围绕第五、六章数据图表生成论文/基金/专利材料草稿

产出：论文-基金-专利流水线模板、Claude Code生成论文基金专利Visio流程图模板、材料生成检查表和证据核验清单

Agent产出：材料Command、Visio Skill、证据链Hook和Claude Code复核记录

回写助手仓库：本章的Visio流程图、材料Command和证据链Hook回写Obsidian与助手仓库，供论文基金专利反复调用。

专题九、循证研究自动化：Hermes Meta分析与证据综合实战

1.Meta分析完整流程：PICO/PECO、检索词、纳排标准、筛选表、数据抽取表和偏倚风险评价

2.Hermes管理证据记忆和研究上下文，Codex生成统计脚本，Claude Code复核逻辑与代码

3.森林图、漏斗图、敏感性分析、异质性解释和证据复核流程

4.把检索、筛选、抽取、统计、复核和写作串成可检查的证据综合流水线

5.Meta分析结果如何进入论文、基金、项目汇报和成果转化材料

6.Agent实现：Codex、Claude Code、Hermes组成Meta分析Agent Team，Sub Agent分管筛选、抽取和统计，messages记录证据状态

案例与产出

案例：公共健康、临床研究或数字化干预主题Meta分析

产出：Hermes Meta分析启动包、PICO/PECO表、纳排标准、统计脚本、森林图和证据复核流程

Agent产出：Meta分析Agent Team配置、筛选Command、统计Skill和证据Memory

回写助手仓库：本章的筛选Command、统计Skill和证据Memory回写Obsidian与助手仓库。

专题十、科研成果智能传播：科研成果传播与成果转化素材制作

1.把科研图表、GEE成果图、Blender 3D图、交互展示页面和研究说明转成成果传播素材

2.3D展示网站：机制路径、实验装置、空间过程、器官结构或遥感场景的交互式展示

3.HyperFrames科研传播视频：问题引入、数据来源、方法步骤、关键图表、结论提示和应用价值

4.成果转化材料：项目汇报、科普展示、申报路演、技术路线、项目一页纸和成果展示材料

5.教学或培训材料只作为可选延展，用一小节说明如何从科研传播素材改写，不单独展开

6.Agent实现：Codex生成展示页面、分镜、配音、字幕轨道和HyperFrames工程；Claude Code复核旁白、时间轴、素材引用、版权边界和导出配置；Hook记录素材来源和导出参数

案例与产出

案例：围绕GEE成果图、3D科研图或公开数据分析结果制作科研传播材料

产出：3D展示原型、科研宣传视频工程、字幕JSON/SRT、项目一页纸、成果转化展示材料和Claude Code复核清单

Agent产出：展示生成Command、视频分镜Command、字幕Skill、音频字幕Hook日志、Claude Code复核Command和素材清单

回写助手仓库：本章的展示生成Command、视频分镜Command、字幕Skill和素材清单回写Obsidian与助手仓库，形成可持续迭代的闭环。

1.多平台文献线索进入飞书

任务：OpenClaw编排公众号、抖音、小红书文献线索、群消息或截图进入飞书，保留来源平台、时间、原文链接、截图证据和初步标签。

产出：飞书线索卡、来源记录、线索Hook日志

2. Obsidian自动整理并触发

任务：OpenClaw将飞书线索写入Obsidian文献库；Obsidian模板自动生成字段，新增卡片触发后续PDF论文图片资料提取、数据线索整理和Command/Hook。

产出：Obsidian文献卡片、标签字段、触发Command

3. PDF论文图片资料提取与Idea整理

任务：Codex提取论文PDF中的研究问题、变量、样本、方法、表格、图片、图注、可复现数据线索和可迁移Idea；Claude Code复核证据边界。

产出：PDF论文图片资料提取表、数据线索表、Idea卡片、待核查清单

4.分析处理数据并生成科研图片

任务：Codex完成公开数据读取、清洗、建模和可视化；需要三维表达时用CLI方式控制Blender生成科研图。

产出：Python脚本、统计图、GEE成果图、Blender CLI渲染图

5A.论文初稿路径

任务：Codex生成方法段、结果段、图表说明和讨论框架；Claude Code复核逻辑、术语、引用边界和人工确认点，并按第八章流程生成论文/基金/专利所需的Visio技术路线图。

产出：论文初稿、图表说明、Visio技术路线图、人工复核清单

5B.Hermes Meta分析路径（从第3步文献证据分叉，主要消费文献而非第4步原始数据）

任务：Hermes把第3步提取的文献纳入Meta分析候选库，管理PICO/PECO、纳排状态、证据记忆；Codex生成统计脚本，Claude Code复核。

产出：Meta分析初稿、筛选表、森林图脚本、证据记忆

6.科研传播与成果转化路径

任务：Codex生成HyperFrames分镜、配音、字幕和视频工程；Claude Code复核旁白、字幕时间轴、素材引用和导出配置；把科研图表、3D图和视频素材转为科普展示、项目汇报和成果申报材料。

产出：科研宣传视频工程、字幕JSON/SRT、导出配置、项目一页纸和成果转化材料

7.回写知识库与下轮迭代

任务：所有结果回写Obsidian项目库，保留Command、Hook日志、复核清单和下次调用上下文。

产出：项目知识库、成果索引、下一轮任务清单

最终项目成果：1个自动化AI科研助手原型、1个Obsidian项目库、1份PDF论文图片资料提取表、1份数据与Idea提取表、1组科研图片、1篇论文初稿或Meta分析初稿、1个科研宣传视频、1套成果转化展示材料。